《孤岛危机6》和典范《孤岛危机3》在物理模拟和环境交互体系上存在显著差异。以载具表现为例：《孤岛危机3》中车辆爆炸时，模型会完整解构，引擎、车门、挡风玻璃等零部件被真正抛射并散落在地面；而《孤岛危机6》的爆炸效果大幅简化，仅保留金属车架结构，其余部件均未参和物理飞散。

轮胎交互机制亦有明显退化：《孤岛危机3》对轮胎进行了精细化建模——子弹击穿后会持续漏气，车身随之倾斜，若持续STG或遭遇高温则触发二次爆炸；《孤岛危机6》关掉了漏气经过，轮胎仅在被完全摧毁时才释放气体，缺乏渐进式损伤反馈。

水体物理体系同样出现倒退：在《孤岛危机3》中，车辆驶入深水区域后受浮力影响，车头明显上扬并漂浮于水面，符合现实流体力学逻辑；而《孤岛危机6》中车辆入水后直接沉底，无视浮力影响，静止停驻于水底地形之上。

人物水下行为也违背基础物理常识：《孤岛危机3》中人物落水后先短暂漂浮，随后因重力和装备负重逐渐下沉；《孤岛危机6》则呈现异常浮力响应——人物沉入一定深度后突然上浮，随即又迅速再次沉没，形成不符合流体动力学规律的反复振荡现象。

跳车动作的物理判定亦被弱化：《孤岛危机3》支持空中悬停机制，人物跳出行驶中的载具后可在空中短暂滞留并调整姿态；《孤岛危机6》关掉该特性，跳车后立即触发重力下坠，落地即产生摔伤判定，丧失战略机动空间。

可燃物交互逻辑更为写实但节拍放缓：《孤岛危机3》中油桶为即时引爆设计，命中即爆，强调战斗节拍和临场反应；《孤岛危机6》改为分阶段响应——子弹击中后先生成弹孔，燃油缓慢渗出并形成油渍，待接触火源后延迟起火，最终引发爆炸，整体经过更贴近现实燃烧链式反应，但削弱了快节拍对抗尝试。

光照体系方面，《孤岛危机3》具备动态遮蔽功能：人物移动至建筑物或大型物体后方时，阳光会被实时遮挡，投射出符合角度的阴影；《孤岛危机6》则采用全局无遮蔽光照模型，太阳光源始终直射人物，无法生成有效阴影遮蔽效果，削弱了环境沉浸感和视觉层次表现。